Мы у себя так делаем.
Создаём новые сведения об исполнении в блоке "Информация об исполнении (о расторжении) контракта" на вкладке "Документы" контракта.
Ставим галочку "Наличие информации о начислении неустоек(штрафов, пеней)".
На вкладке "Исполнение контракта" выбираем "Требование заказчика об уплате неустойки (штрафа, пени)", указываем реквизиты и нажимаем кнопку "Добавить".
На вкладке "Неустойки, штрафы, пени" также вносим реквизиты претензии и инф. об оплате.
Если оплаты пени на дату размещения нет, то галку "Внести инф. об оплате (неустойки (штрафа, пени)" не включаем, а когда поставщик оплачивает, редактируем опубликованные сведения через "Исправление сведений" (причину указываем "Внесение сведений об оплате пени Поставщиком"), активируем галку "Внести инф. об оплате..." и заполняем нужные ячейки и ещё раз публикуем.