считаю что преференции должны учитываться при заключении контракта. обоснование:
часть 3 приказа МЭР от 12 марта 2012 г. N 120:
при размещении заказов на поставки товаров для нужд заказчиков путем проведения конкурса или аукциона, в том числе открытого аукциона в электронной форме (далее - аукцион), участникам размещения заказа, заявки на участие которых содержат предложения о поставке товаров российского и (или) белорусского происхождения,
предоставляются преференции в отношении цены контракта в размере 15 процентов в порядке, предусмотренном пунктами 4 - 5 приказа. часть 4 статьи 9 94-ФЗ:
заказ признается размещенным со дня заключения контракта, а в случае, предусмотренном пунктом 14 части 2 статьи 55 настоящего Федерального закона, со дня заключения иных гражданско-правовых договоров.
В вашей ситуации размещение заказа до настоящего момента не закончилось (как ошибочно указывают некоторые про отдельную процедуру "заключение контракта"), в момент размещения действовал приказ, вы давали согласие (в заявке) на участие в размещении заказа (в том числе заключение контракта) на условиях, предусмотренных документацией. вносить изменения в документацию (признать ее незаконной) оснований нет, а заключать контракт в нарушение условий документации чревато последствиями (для заказчика), тем более денежки то казенные, скажут потом заказчику вашему про матущерб государству и т.д.Как то так)))
А вооще обратитесь в ФАС, интересно что они скажут