Я рассуждал о том, можно ли выставить счет и счет-фактуру от ИП находящимся на УСН с НДС и затем заплатить этот НДС в бюджет.
Прямо так и просто - нет.
Вы создаете (в определенные сроки) отдельный вид деятельности в своем ИП, информируете об этом налоговый орган.
Организуете по этим видам деятельности (ОСНО и УСН) раздельный учет и начинаете работать. Читайте налоговый кодекс - там все есть.
Но!!!
Скажу вам, как человек у которого все это есть - проще организовать отдельное ООО на ОСНО, чем "тащить" раздельный учет в одной фирме. Налоговая весь мозг высушит.