нет, согласовывать не надо. Если заявка соответствует требованиям, то с ним заключаете по п.25 ч.1 ст.93 как с ЕП.
Вот я тоже так думаю и на практике теперь не согласовывает заказчик, но не читала именно трактовку закона, а сейчас прочитала:
25) признание несостоявшимися открытого конкурса, конкурса с ограниченным участием, двухэтапного конкурса, повторного конкурса, электронного аукциона, запроса котировок, запроса предложений в соответствии с частями 1 и 7 статьи 55, частями 1 - 3.1 статьи 71, частями 1 и 3 статьи 79, частью 18 статьи 83 настоящего Федерального закона. Согласование заключения контракта в указанных случаях, за исключением случаев заключения контрактов в соответствии с частями 4 и 5 статьи 15, частями 1 - 3.1 статьи 71, частями 1 и 3 статьи 79 настоящего Федерального закона, проводится при осуществлении закупок для обеспечения федеральных нужд, нужд субъекта Российской Федерации, муниципальных нужд соответственно с федеральным органом исполнительной власти, уполномоченным на осуществление контроля в сфере закупок, или контрольным органом в сфере государственного оборонного заказа, органом исполнительной власти субъекта Российской Федерации, органом местного самоуправления муниципального района или органом местного самоуправления городского округа, уполномоченными на осуществление контроля в сфере закупок. В соответствии с настоящим пунктом контракт должен быть заключен с единственным поставщиком (подрядчиком, исполнителем) на условиях, предусмотренных документацией о закупке, по цене, предложенной участником закупки, с которым заключается контракт. Такая цена не должна превышать начальную (максимальную) цену контракта, цену контракта, предложенную в заявке соответствующего участника закупки, или цену контракта, предложенную соответствующим участником закупки при проведении электронного аукциона.
Обращение заказчика о согласовании заключения контракта с единственным поставщиком (подрядчиком, исполнителем) направляется в контрольный орган в сфере закупок в срок не позднее чем в течение десяти дней с даты размещения в единой информационной системе соответствующих протоколов, содержащих информацию о признании определения поставщика (подрядчика, исполнителя) несостоявшимся. При этом срок согласования не должен быть более чем десять рабочих дней с даты поступления указанного обращения. Контракт с единственным поставщиком (подрядчиком, исполнителем) заключается в срок не более чем двадцать дней с даты получения заказчиком такого согласования, или в случаях, предусмотренных частями 4 и 5 статьи 15 настоящего Федерального закона, в срок не более чем двадцать дней с даты размещения в единой информационной системе соответствующих протоколов, содержащих информацию о признании определения поставщика (подрядчика, исполнителя) несостоявшимся, или в случаях, предусмотренных частями 1 - 3.1 статьи 71, частями 1 и 3 статьи 79 настоящего Федерального закона, в сроки, установленные соответственно статьей 70 и частью 13 статьи 78 настоящего Федерального закона. Порядок согласования заключения контракта с единственным поставщиком (подрядчиком, исполнителем) устанавливается федеральным органом исполнительной власти по регулированию контрактной системы в сфере закупок;
(в ред. Федеральных законов от 04.06.2014 N 140-ФЗ, от 31.12.2014 N 498-ФЗ)
Но подчеркнутая фраза говорит об обратном.... Люди добрые, объясните, туплю...