Видела много подобных тем на форуме, но так как однозначного ответа не нашла, создала тему. Честно сказать, очень удивила документация зака.
Зак проводит закупку по 44-ФЗ, читаю документацию и в проекте контракта вижу следующее:
" Согласно писем  Минфина России №02-11-08/2467 от 02.07.2012г., №03-11-06/2/121 от 22.08.2011г., №03-07-07/02 от 02.02.2011г. и Письма ФАС России  АЦ/39173 от 06.10.2011г.,  государственный заказчик  при заключении  договора  с Подрядчиком    , применяющим упрощенную систему налогообложения ,
 по согласованию с ним,  
вправе внести изменения  цены договора , указав  в дополнительном  соглашении  к  договору  , что  цена  договора  уменьшена  на сумму НДС18%   при  сохранении объема  работ   и в документах основаниях для оплаты за выполненные работы   указывать цену  без НДС.
Заказчик   оставляет   возможность для Подрядчика, применяющего  упрощенную систему налогообложения  ,рассчитать  снижение цены договора 
в соответствии с:
1.Письмо Госстроя  РФ от 06.10.2003г. №Н3-6292/10 «О порядке определения сметной стоимости работ, выполняемых организациями , работающими по упрощенной системе налогообложения»;
2.Выписка из МДС 81-33.2004 , Приложение 8 «постатейная структура накладных расходов  по элементам  затрат .
10.
Учитывая положения Федерального закона  о неизменности условий заключенного договора  при отсутствии между заказчиком и Подрядчиком согласования (допсоглашения) об изменении  цены договора  , расчеты по  договору  осуществляются в соответствии с его условиями. При этом заказчик, обладающий сведениями о том, что операции Подрядчика  не облагаются НДС, вправе снять с себя  ответственность за нарушение Подрядчиком  налогового кодекса(п.5 ст.346.11 НК РФ)  довести данные о произведенной оплате по  контракту до  сведения  соответствующего  налогового органа." 
И еще:
"                      Статья 8. Порядок и условия платежей.
8.1. Платеж  производятся  за полностью завершенные    работы в течение 
30 (тридцати  )   календарных  дней  .
Условием платежа  является представление Подрядчиком Заказчику:
(а) акта приемки выполненных работ по форме № КС-2 , подписанного Заказчиком и Подрядчиком;
(б)локальный сметный расчет Подрядчика ;
(в) справки о стоимости выполненных работ по форме № КС-3;
(г)  счета и счета-фактуры в 2-х экземплярах;
(д) сертификаты  на  используемый  материал при ремонте ;
(е) договор  ;
(ж)
дополнительное соглашение на снижение цены  контракта на сумму НДС , если Подрядчик применяет упрощенную систему налогооблажения."
Два года участвую в закупках и по 44-ФЗ, и по 223-ФЗ, но такое, честно сказать, вижу первый раз.
Если кажем работаем с ФГУП почта России, то, знаю, об особенностях их Положения - при применении УСН Подрядчик обязан уменьшить цену на сумму НДС. Но здесь 223-ФЗ и Положение Зака. 
То, что касается 44-ФЗ - таких вопросов никогда не возникало - цена указывалась предложенная на торгах, а также то, что НДС не облагается на основании уведомления о возможности применения УСН.
Знатоки, подскажите, обоснованно ли требование зака, потому как меня оно ввело в ступор - может что-то пропустила / может не знаю чего, потому как наше законодательство идет семимильными шагами...
Короче, ступор......... 
 
 Кстати. вот еще момент - Источник финансирования - Субсидии на  выполнение   государственного задания  на 2015 год по КОСГУ 225, Заказчики, подскажите со своей стороны, обоснованно ли требования, потому как рабою со стороны УРЗа и, честно сказать, вникаю в вопросы финансирования на уровне деления бюджетных и внебюджетных источников финансирования, а также оговорки об оплате заком работ при условии своевременного доведения до него бюджетных средств.