"С даты подписания протокола подведения итогов аука прошло уже более 20 дней (с учетом обработки 2 протоколов разногласий)"
в данном случае указан срок с учетом протоколов участника, в законе нет ни слова о том что заказчик ограничен как-то в сроках подачи протокола разногласий со своей стороны, как говорят юристы, "что не запрещено, то разрешено, благо ЭТП даёт такую возможность! а по поводу сроков, тоже много несоответствий в ФЗ, там например ни слова о приостановке на основании решения ФАСа, причем подав жалобу в ФАС на ЭТП предписание можно увидеть иногда после того как контракт уже подписан да и много всего другого.
как поступить вам решать, либо УРЗ/ сотрудник неопытен/глуповат и невнимателен, и предоставил БГ на срок меньше положенного, либо сознательно(что маловероятно) сделал срок меньше. Если это менеджер у УРЗа накосячил, ему директор вставит по полной, а если ещё в РНП попадёт УРЗ ...а может у менеджера семья, дети.
если решите дать шанс исправиться, вы им можете сказать так и так вы шибко накосячили, я сделаю протокол, у вас 3 дня на исправление, или делаете как надо или в ФАСе встретимся, вероятность что их внесут в РНП из-за этого примерно 80%!