проект контракта с пустой спецификацией товара и ставку НДС должны уточнить.
Вот объясните, где Вы набрались этого, простите, идиотизма? ВАША обязанность заполнять спецификацию до отправки проекта контракта, Вы должны полностью подготовить этот проект до первой отправки. Поставщики сейчас обычно в этом плане нормальные, у них или во второй части есть анкета со всеми данными (в том числе и по НДС), или они их спокойно предоставят в рабочем порядке. По спецификации - делаете свою попозиционную разбивку пропорционально снижению цены, при необходимости поставщик Вам отправит протокол со своей разбивкой, если она его устраивать не будет. Если желаете, можете предварительно направить по электронке поставщику проект, чтобы он его посмотрел и высказал пожелания по спецификации в рабочем порядке. Но это не обязательно, просто так проще.
Но это на будущее. Ни в коем случае не отправляйте пустой проект! Это раньше можно было при "слепой подписи" отозвать карточку (и то это было некорректно и неправомерно), а сейчас в случае подписания поставщиком такого пустого проекта Вам светит упоительный секс с казначейством и, возможно, судебные прения.
В данной ситуации, правда, это и на руку может сыграть, поставщик вернет протоколом, исправите и цену, и заполните адекватно. На содержание протокола в части цены внимания не обращаете, исправляете и все. Поставщика только желательно в известность поставить, чтобы он мог свою разбивку на более низкую цену переделать, если вдруг сам не заметит.
Про УФАС - технически просто работает, рассмотрят на комиссии Ваше обращение, дадут предписание, и в ЕИС отмените процедуру заключения и запустите заново. Единственный минус - внеплановая проверка, могут еще нарушений нарыть. Но это все в том случае, если поставщик подпишет (хотя не думаю, что он идиот, подписывать пустой незаполненный проект).