Если директор вашего учреждения хочет влететь на штраф, то можно хоть и не один аванс ещё заплатить
Все существенные условия контракта, оговорённые в проекте и в документации (а авансирование - одно из условий), изменять в процессе исполнения контракта нельзя!!!
В вашем случае можно только:
2) если цена заключенного для обеспечения федеральных нужд на срок не менее чем три года контракта составляет либо превышает размер цены, установленный Правительством Российской Федерации, и исполнение указанного контракта по независящим от сторон контракта обстоятельствам без изменения его условий невозможно, данные условия могут быть изменены на основании решения Правительства Российской Федерации;
3) если цена заключенного для обеспечения нужд субъекта Российской Федерации на срок не менее чем три года контракта составляет или превышает размер цены, установленный Правительством Российской Федерации, и исполнение указанного контракта по независящим от сторон контракта обстоятельствам без изменения его условий невозможно, данные условия могут быть изменены на основании решения высшего исполнительного органа государственной власти субъекта Российской Федерации;
5) изменение в соответствии с законодательством Российской Федерации регулируемых цен (тарифов) на товары, работы, услуги;