насколько я знаю, раньше во второй части заявки указывали ген директора,
Это по вашему усмотрению, кого и что вы будете указывать. Но норма закона содержит исчерпывающий перечень сведений и документов необходимых для предоставления во второй части.
Далее 41.3-2-5
копии документов, подтверждающих полномочия руководителя. В случае, если от имени участника размещения заказа действует иное лицо, также представляются доверенности, выданные физическому лицу или физическим лицам на осуществление действий от имени участника размещения заказа по участию в открытых аукционах в электронной форме (в том числе на регистрацию на открытых аукционах), заверенные печатью участника размещения заказа и подписанные руководителем или уполномоченным им лицом. В случае, если такая доверенность подписана лицом, уполномоченным руководителем, должна представляться копия документа, подтверждающего полномочия данного лица, заверенная печатью участника размещения заказа и подписанная руководителем участника размещения заказа
Тобишь. Если подписывает гена, то на площадке должно иметься решение о его назначении. Если подписывает не гена. а чебурашка, то на площадке должна быть ещё и доверенность от гены, на то, что он передаёт чебурашке свои полномочия на всё и вся.
По моему исчерпывающе. Всё остальное - это самодеятельность, зачастую приводящая к определённым казусам.