Верна писал(а):даже если она просто была подписана?
Да, Вы подали первую заявку в виде электронного документа, который необходимо подписывать ЭЦП, у вас она подписана не была, следовательно не соответствует установленным требованиям. А вторую заявку Заказчик не имеет права учитывать, не смотря ни на что.
Как вариант можно было сразу после первой заявки позвонить Заказчику и попросить не регистрировать ее, а просто удалить и в догонку послать нормальную, но тут уже все зависит от заказчика.