Неустойка не может быть оплачена за счет средств банковской гарантии
Данная позиция основана на том, что банковской гарантией обеспечивается исполнение только основного обязательства по контракту, а неустойка не является таким обязательством. Эти способы обеспечения обязательства не зависят друг от друга и имеют собственный механизм реализации и способ расчета.
Документ: Письмо Минэкономразвития России от 16.01.2015 N Д28и-65
вот