Утверждает, что не производил партию. Экспртиза признала несоответствие
Ну, утверждать он может что угодно. Так-то он заинтересованное лицо и полагаться на его слова как на доказательство некорректно.
Что за экспертиза была? Эксперт нанят производителем (проигравшим участником?) Несоответствие чего чему признала (товара требованиям ТЗ или товара ГОСТу какому-нибудь или что?)
В контракте сказано, что в течение трех дней зак либо подписывает акт, либо мотивирует отказ. Ничего не было мотивировано, и толко по прошествии двух недель они стали писать претензии
Вот за это можно зацепиться. Только хорошо бы иметь какие-нибудь документальные свидетельства того, что товар заказчиком фактически получен. Вы свои обязательства по контракту выполнили (товар, предложенный при подаче заявки, поставили). Вам надо повнимательнее почитать контракт в части условий приемки. Обычно пишут, что если при приемке обнаруживается, что товар не соответствует требованиям документации или некачественный, то заказчик не подписывает акт и товар считается непоставленным. Вам еще и пени за просрочку могут потом впаять. Здесь надо ссылаться на то, что Вы не получали мотивированного отказа от приемки товара.